Catan: Junior foregår på en ring af øer, hvor 2 til 4 spillere bygger skjulesteder og støder på den mystiske Spooky Island, hvor Ghost Captain bor. Hver ø genererer en specifik ressource: træ, geder, melasse eller sværd, og spillere kan erhverve guld. Hver spiller starter med to piratskjulesteder på forskellige øer, og de kan bruge de ressourcer, de erhverver, til at bygge skibe, skjulesteder eller få hjælp fra Coco Papegøjen. Ved at bygge skibe kan de udvide deres netværk; jo flere skjulesteder de bygger, jo flere ressourcer kan de modtage. Men pas på den frygtede Ghost Captain!
Bliv den første spiller til at kontrollere syv piratskjulesteder, og du vinder!